Máximo órgano de gobierno, en quien recae la aprobación de decisiones de más alto nivel institucional, de conformidad con la Ley Orgánica y el Estatuto Universitario. Está integrado por la persona titular de la Rectoría, quien lo Preside, la persona titular de la Secretaría General, quien funge como persona titular de la Secretaría del Consejo Universitario, las personas titulares de las Unidades Académicas, una persona representante de las y los trabajadores académicos y académicas, una persona representante de las y los estudiantes por cada unidad académica, dos personas representantes del Sindicato Independiente de Trabajadores Académicos de la UAEM y dos personas representantes del Sindicato de Trabajadores Administrativos de la UAEM y, dos personas representantes de la Federación de Estudiantes Universitarios de Morelos.
