La Junta de Gobierno es una autoridad colegiada investida de atribuciones y obligaciones, que se rigen en los artículos 20 y 22 de la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma del Estado de Morelos, promulgada el 21 de mayo de 2008 en el periódico oficial “Tierra y Libertad”, misma que entró en vigor el día 13 de agosto del mismo año.

Funciones:
La Función primordial de la Junta de Gobierno, es formular la terna para la designación del Rector; el nombramiento y remoción del Titular del Órgano Interno de Control, así como del auditor externo de la UAEM; además de solucionar los conflictos que surjan entre las autoridades Universitarias. Asimismo, la de expedir y modificar su propio reglamento con el objeto de normar en forma particular las actividades de esta Junta, ajustándose en todo momento al espíritu, principios y lineamientos articulados en la Ley Orgánica de la UAEM.

El Órgano Interno de Control es el regulador de la actuación de la UAEM, con plena autonomía en cuanto a sus funciones y actuaciones, con el objeto de vigilar y examinar el cabal cumplimiento en el manejo de los ingresos, la asignación de los recursos financieros, humanos y materiales, así como el correcto, veraz, responsable y transparente desempeño de todos y cada uno de los trabajadores universitarios que integran la Universidad Autónoma del Estado de Morelos, bajo el principio de la eficiencia y la eficacia administrativa; generando así, confianza en la sociedad universitaria. Para el despacho de los asuntos de su competencia, el Órgano Interno de Control contará con las siguientes unidades administrativas: Coordinación de Auditoría y Coordinación de Responsabilidades.