Centro de Investigación en Biotecnología (CEIB)

Laboratorio de Estudios Ecogenómicos

Área de Estudio

Ecogenómica (Ecología Genómica) El objetivo de la Ecogenómica, como disciplina emergente, es cerrar la brecha existente entre los estudios genómicos y las respuestas de los  organismos en su entorno natural. Busca entender los mecanismos genéticos subyacentes de las respuestas de los organismos a sus entornos naturales. Esto se logra a través de la aplicación de enfoques dados por la genómica estructural y  funcional para identificar y caracterizar los genes con relevancia ecológica y evolutiva. Por su propia naturaleza, la ecológica genómica es un interdisciplinario campo.

 

Ámbito de trabajo

La biología contemporánea abarca una enorme escala: Por un lado, los biólogos moleculares están descubriendo cómo se producen los procesos celulares básicos a nivel atómico. Por otro lado, la disciplina de la ecología global está tratando de predecir cómo el cambio climático afectará a los patrones generales de la biodiversidad en todo el planeta. Por desgracia, estos campos de investigación en la mayoría de las veces no están conectados, se ha producido una brecha manifiesta que intenta ligar procesos genéticos en organismos individuales de una sola especie, con los procesos ecológicos que resultan de la interacción de muchos organismos procedentes de todo el inventario de especies de un ecosistema. Una razón de esto ha sido que las especies modelo para la investigación evolutiva y ecológica han sufrido por lo general de una falta de herramientas genéticas, mientras que por el contrario lo general muy poco, o nada, se ha sabido sobre la ecología de los modelos genéticos bien establecidos.

En el Laboratorio de Estudios Ecogenómicos estamos interesados en comprender, a través de la Genómica Estructural y Funcional, las relaciones que establezcan diversos organismos a diferentes niveles, específicamente estamos enfocados en tres modelos de estudios:

1) Las asociaciones de nematodos entomopatógenos con bacterias NO canónicas, para conocer la naturaleza de estas asociaciones y el papel que juegan estas bacterias en la actividad entomopatógena.
2) La coccidiosis aviar, una enfermedad del sector avícola. El objetivo principal es la obtención de productos de uso veterinario inocuo a la salud humana. Todo esto con base a integrar y coordinar las capacidades y competencias institucionales en Genómica Pecuaria para atender demandas provenientes de la sanidad y la producción animal; dando salida social a progresos realizados en el área para contrarrestar el rezago en el que se encuentra este Sector.
3) La microbiota presente en sitios contaminados que puedan tener la capacidad de establecer relaciones simbióticas, en la búsqueda de las claves para explicar los procesos co-evolutivos.

La incorporación de conocimientos de frontera a las Líneas de Investigación permitirán el impulso de productos biotecnológicos para tener un impacto en la sociedad, trascendiendo en el desarrollo institucional, en la formación de recursos humanos y en la vinculación con sectores productivos.

 

Líneas de generación del conocimiento

1.            Genómica estructural y funcional de la relación simbiótica de bacterias asociadas a nematodos entomopatógenos.
2.            Estudios Genómicos enfocados a resolver problemas del sector pecuario
3.            Genómica Estructural de la microbiota ambiental

 

Integrantes del laboratorio

Dr. Edgar Dantán González
edantan@uaem.mx
Profesor Investigador Titular B

Profesor-Investigador, Responsable

M. en B. Rosalba Salgado Morales
salgadomoralesr@hotmail.com

Estudiante de Doctorado en Ciencias (CIDIC/UAEM)

Abraham Omar Rivera Ramírez
abraham.rivera@uaem.mx

Estudiante de Doctorado en Ciencias (CIDIC/UAEM)

M. en B. Fernando Martínez Ocampo
fernando.martinezo@uaem.mx

Estudiante de Doctorado en Ciencias Naturales (CeIB/UAEM)

Rebeca Pérez Martínez
rebeca_62533@hotmail.com

Estudiante de Maestría en Biotecnología (CeIB/UAEM)

Daniel Rivera Mendoza
adniel.rm@hotmail.com

Estudiante de Maestría en Biotecnología (CeIB/UAEM)

Nancy Rodríguez
hcdh_guevara@hotmail.com

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

Alexis Telles Galván

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

Mónica Bobadilla Morales

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

Marilú Mass Sánchez

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

Alan Rodrigo Ortiz Aguilar

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

Carlos Isaac Roldán Alday

Estudiante de Licenciatura en Biología UAEM

 

Proyectos

  • Convocatoria del Programa de Apoyos para Actividades Científicas, Tecnológicas y de Innovación 2017-01. Propuesta: 279657. Título "Reunión Nacional de Genómica Pecuaria". Monto 250,000.00.
  • Cátedras CONACyT  No. 569 “Genómica estructural y funcional aplicada al desarrollo del sector pecuario”. CONACYT, 2016-2020
  • Proyecto FOMIX/CONACyT  Análisis de la susceptibilidad y los mecanismos de resistencia de Aedes aegypti a insecticidas organofosforados y piretroides en el Estado de Morelos”, Clave MOR-2010-C01-149033.  Responsable. Periodo 2011/2013
  • PromeP 39634. Reconocimiento a Perfil Deseable. Implemento Individuales de trabajo. Monto $ 40, 000.
  • Propuesta N° 182225 CONACyT con título “Análisis del mecanismo molecular de una toxina S-layer de Bacillus thuringiensis en el control de la coccidiosis aviar por Eimeria tenella” enviada a la Convocatoria de Ciencia Básica 2012, monto 1'960,000 (un millón novecientos sesenta mil pesos 00/100 M.N.) con duración de 36 meses.
  • Proyecto "Evaluación de dos vías de administración de un novedoso anticoccidiano de origen natural utilizado en el control de la enfermedad parasitaria (coccidiosis) de pollos de engorda, pera su potencial comercialización". Proyectos de Desarrollos Tecnológicos en Fase de Prototipos. UAEM/CONACyT
  • Proyecto "Laboratorio de diagnostico BIOGEN".  PEI12014 No. 212944 CONACyT. Monto $800,000.00
  • Convocatoria Proyectos de  Desarrollo Científico para atender Problemas Nacionales (COANACyT) 2014. No. Pre propuesta: 0247780. Título: Control de la coccidiosis aviar utilizando productos naturales producidos por la microbiota presente en hábitats de aves de corral. Monto $1’500,00.00

 

Publicaciones

  • I. García-Bautista, T. Toledano-Thompson, E. Dantán-González, J. González-Montilla, R. Valdez-Ojeda. 2017. Inexpensive metagenomic DNA extraction protocol with high quality from marine sediments contaminated by petroleum hydrocarbons. Genet.Mol.Res. 16(3): gmr16039743 DOI: 10.4238/gmr16039743
  • Salgado-Morales R, Rivera-Gómez N, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Dantán-González E. 2017. Draft genome sequence of a Pseudomonas aeruginosa NA04 bacterium isolated from an entomopathogenic nematode. Genome Announc 5:e00746-17. https://doi.org/10.1128/genomeA.00746-17.
  • Salgado-Morales R, Rivera-Gómez N, Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Dantán-González E. 2017. Draft genome sequence of Photorhabdus  luminescens HIM3 isolated from an entomopathogenic nematode in agricultural soils. Genome Announc 5:e00745-17. https://doi.org/10.1128/genomeA.00745-17.
  • Fernández-López, Maikel Gilberto, Popoca-Ursino, Carolina, Sánchez-Salinas, Enrique, Tinoco-Valencia, Raunel, Folch-Mallol, Jorge Luis, Dantán-González, Edgar, Laura Ortiz-Hernández, Ma. 2017. Enhancing methyl parathion degradation by the immobilization of Burkholderia sp. isolated from agricultural soils. Microbiology Open. https://doi.org/10.1002/mbo3.507
  • Elida C. Popoca-Ursino, Fernando Martínez-Ocampo, Edgar Dantán-González, Enrique Sánchez-Salinas and Ma. Laura Ortiz-Hernández. 2017. Characterization of methyl parathion degradation by a Burkholderia zhejiangensis strain, CEIB S4-3, isolated from agricultural soils. Biodegradation https://doi.org/10.1007/s10532-017-9801-1
  • Martínez-Ocampo F, Fernández López MG, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández ML, Sánchez-Salinas E, Ramos Quintana F, Villalobos-López MA, Dantán-González E. 2016. Draft genome sequence of Burkholderia cenocepacia strain CEIB S5-2, a methyl parathion- and p-nitrophenol-degrading bacterium, isolated from agricultural soils in Morelos, Mexico. Genome Announc 4(2):e00220-16. doi:10.1128/genomeA.00220-16.
  • Dantán-González, E., Quiroz-Castañeda, R. E., Cobaxin-Cárdenas, M., Valle-Hernández, J., Gama-Martínez, Y., Tinoco-Valencia, J. R., Ortiz-Hernández, L. (2015). Impact of Meyerozyma guilliermondii isolated from chickens against Eimeria sp. protozoan, an in vitro analysis. BMC Veterinary Research, 11, 278. http://doi.org/10.1186/s12917-015-0589-0
  • Ramos-Quintana, F. , Hernández-Rabadán, D. , Sánchez-Salinas, E. , Ortiz-Hernández, M. , Castrejón-Godínez, M. and Dantán-González, E. (2015) Modeling the Effects of Interactions between Environmental Variables on the State of an Environmental Issue: The Case of the Morelos State in Mexico. Journal of Environmental Protection, 6, 225-236. doi: 10.4236/jep.2015.63023.
  • Martínez-Ocampo F, Lozano-Aguirre Beltrán LF, Hernández-Mendoza A, Rojas-Espinoza LE, Popoca-Ursino EC, Ortiz-Hernández ML, Sánchez-Salinas E, Ramos Quintana F, Dantán-González E. 2015. Burkholderia cenocepacia strain CEIB S5-1, a rhizosphere-inhabiting bacterium with potential in bioremediation. Genome Announc 3(2):e00056-15. doi:10.1128/genomeA.00056-15.
  • Rosa Estela Quiroz-Castañeda and Edgar Dantán-González, “Control of Avian Coccidiosis: Future and Present Natural Alternatives,” BioMed Research International, vol. 2015, Article ID 430610, 11 pages, 2015. doi:10.1155/2015/430610
  • Rosa Estela Quiroz-Castañeda, Ared Mendoza-Mejía, Verónica Obregón-Barboza, Fernando Martínez-Ocampo, Armando Hernández-Mendoza, Felipe Martínez-Garduño, Gabriel Guillén-Solís, Federico Sánchez-Rodríguez, Guadalupe Peña-Chora4, Laura Ortíz-Hernández, Paul Gaytán-Colín, Edgar Dantán-González (2015) “Identification of a New Alcaligenes faecalis Strain MOR02 and Assessment of Its Toxicity and Pathogenicity to Insects,” BioMed Research International, vol. 2015, Article ID 570243, 10 pages, 2015. doi:10.1155/2015/570243

 

Colaboraciones

  • Dra. Laura Ortiz H.                                          CeIB/UAEM
  • Dra. Patricia Mussalli                                     CeIB/UAEM
  • M. en C. Enrique Sánchez                           CeIB/UAEM
  • Dr. Ramón Suárez                                          CeIB/UAEM
  • Dr. Mario Soberón                                         IBT/UNAM
  • Dra. Blanca García G.                                     IBT/UNAM
  • Dr. Ruben Paul Gaytan                                                IBT/UNAM
  • Dr. Alfredo Jiménez                                      CePROBI/IPN
  • Dr. Armando Hernández M.                      CI Dinámica Celular, UAEM
  • Dr. Luis Lozano                                                CCG/UNAM
  • Dr. Pablo Vinuesa                                           CCG/UNAM
  • Dra. Rosa E. Quiroz                                        INIFAP
  • Dr. Fernando Ramos                                    ITESM
  • Dr. Miguel Villalobos                                     CIBA/INP
  • Dra. Dolores Correa                                       Instituto Nacional de Pediatría
  • Gabriel Moreno-Hagelsieb                         Wilfrid Laurier University
  • Dr. Juan E. Jasso                                              SENASICA