En el año 2009 se aprueba el Plan de Estudios de la Licenciatura en Administración Pública ofertándose en Agosto de 2010 y se reestructura el Plan de Estudios 2010 de la Licenciatura en Informática.

En el año 2013 se llevó a cabo la reestructuración del plan de estudios con un enfoque basado en competencias de la carrera de Contador Público y la Licenciatura en Administración.

En el mismo año se oferta la Licenciatura en Economía en el campus Chamilpa de la FCAeI, con el plan de estudios 2007 aprobado para el Instituto Profesional de la Región Oriente (IPRO).

Desde 1977 hasta el 2010 la Facultad ofertó la Maestría en Administración, misma que en 2012 se retomó ya reestructurada como Maestría en Administración de Organizaciones (MAO) con un enfoque profesionalizante y en Agosto del 2014 se oferta la Maestría en Ciencias Computacionales y Tecnologías de la Información, considerada transversal, ya que para su desarrollo participan la Facultad de Ciencias, la Facultad de Ciencias Químicas e Ingeniería y la Facultad de Contaduría, Administración e Informática.

La FCAeI ha establecido en sus 52 años de existencia, un parámetro de relevancia académica en la educación superior teniendo como base, un claustro de profesores actualizado profesional y académicamente; planes de estudio institucionalmente exigentes y estratégicamente flexibles; además de colaboradores administrativos comprometidos con la institución.